NET.Notes má mnoho vyjímečných funkcí, které usnadní práci každému uživateli. Dokáže prohledávat systém dle rozličných kritérií a to včetně překlepů a slovních variant. Dokáže hledat i dle zeměpisných informací. V systému můžete tvořit i velmi rozsáhlé dokumenty pomocí textového editoru, a ty pak převádět třeba do PDF. NET.Notes zároveň umožňuje nastavit práva na každý dokument, a to jak pro čtení, tak i pro editaci.
NET.Notes sleduje i historii každé změny dokumentu, včetně takových akcí, jako je schválení, odeslání, ukončení atd.