Záložky jsou klíčovou součástí uživatelského rozhraní NET.Notes. Nový dokument, pohled či již existující dokument se otevře do nové záložky na pracovní ploše NET.Notes – tedy ne v novém okně nebo záložce prohlížeče. Tento způsob fungování zajišťuje přehledné a konzistentní uživatelské rozhraní, srozumitelné pro každého uživatele. Záložky jsou stálé a „přežijí“ i restart prohlížeče. Uživatel si může otevřít cokoli, co potřebuje ke své každodenní práci, na konci dne prohlížeč zavře a následující den jednoduše otevře a pokračuje v práci. Záložky mají svou vlastní adresu, aby se daly přidat do „oblíbených“, případně poslat mailem jako odkaz.
Celé uživatelské prostředí je velmi příjemné a srozumitelné, uzpůsobené k co nejintuitivnějšímu ovládání.
