NET.Notes Desktop je koncipován jako modulární systém, který je možno rozšiřovat o existují moduly jakožto i moduly zákaznicky vytvořené. Uživatelské rozhraní pak tuto skutečnost odráží formou levé navigace, společnými menu apod. Levá navigace zpřístupňuje jednotlivé moduly, které jsou rozděleny do rozbalovatelných kategorií. Pod modulem ‚Aktivity‘ tak uživatel nalézá položky jako „Moje“ aktivity, „Všechny aktivity“, „Kalendář“ apod. Pro Administrátora systému je k dispozici menu „ADMINISTRACE“, kde jsou jednotlivá nastavení rozdělena opět dle modulů.
Moduly systému jsou následně přidělovány uživatelům v rámci nastavení jejich přístupových práv. Někteří uživatelé tak mohou mít přístup pouze do vybraných modulů, jiní do modulů všech apod. V rámci přidělování přístupu k modulům správce taktéž definuje dodatečné role, které umožňují specifické operace v rámci modulu.
